USA: Studenten der Gartenbaufakultät setzen das Genom des Cosmic Crisp™-Apfels zusammen

Stephen Ficklin, ein Bioinformatiker und Assistenzprofessor an der Gartenbaufakultät der Washington State University (WSU), beschrieb das Projekt, das er, der promovierte Wissenschaftler Huiting Zhang und ihre Klasse Studenten und Doktoranden durchführen:


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„Wir stellen das komplette Genom des Apfels WA 38 zusammen, der als die beliebte Sorte Cosmic Crisp™ vermarktet wird“, sagte Ficklin. Das ist so, als würde man eine riesige Mülltüte mit geschredderten Dokumenten nehmen und sie wieder in ihren ursprünglichen Zustand versetzen. Die Tüte enthält Millionen von Zwei-Zoll-Segmenten, erklärt Ficklin. Um ein Genom so zu verstehen, dass das Innenleben eines Organismus nachvollzogen werden kann, müssen all diese Abschnitte in der richtigen Reihenfolge zusammengesetzt werden.

Ficklin hat Zugang zum Hochleistungsrechnerverbund der WSU, und er und seine Studenten nutzen 160 CPUs, um die Sequenzdaten zu verarbeiten und das Cosmic Crisp™-Genom zusammenzusetzen.

Das zusammengesetzte Apfelgenom wird als Grundlage für die Arbeit der Forscherin an dem USDA ARS Tree Fruit Research Lab des Landwirtschaftsforschungsdienstes (ARS) des USDA und Fricklin-Partnerin, Loren Honaas, dienen. Honaas und ihre Mitarbeiter werden Techniken zum Nachweis spezifischer genetischer Marker entwickeln, die nützlich sein könnten, um das Risiko von Nacherntefehlern vorherzusagen, die den wirtschaftlichen Wert einer Apfelernte beeinträchtigen. Selbst eine winzige Verbesserung der Ausbeute - also der Früchte, die nach der Verarbeitung und Lagerung auf den Markt kommen - kann eine erhebliche Verbesserung der Rentabilität bedeuten.

Quelle: WSU

Veröffentlichungsdatum: 21.12.2022